Năm 1788, quân Thanh theo lời cầu viện của Lê Chiêu Thống tràn vào kinh thành Thăng Long. Trước tình thế nguy cấp, Nguyễn Huệ cho lập Đàn Nam Giao ở chân núi Bân, thành phố Huế, tuyên bố lên ngôi Hoàng đế, niên hiệu là Quang Trung, đồng thời cấp tốc Bắc tiến.
Năm 1789, Hoàng đế Quang Trung đánh tan quân Thanh xâm lược và tàn dư nhà Lê. Sau khi ổn định tình hình chính trị tại Bắc Hà, ông dẫn đại quân quay về miền Trung và Huế chính thức trở thành kinh đô của nước Việt thống nhất trong hơn mười năm (1789-1801).
Năm 1802, Nguyễn Ánh, tức vua Gia Long, kết thúc cuộc chiến tranh với nhà Tây Sơn và lập nên vương triều Nguyễn. Huế tiếp tục được chọn làm kinh đô trong hơn 143 năm (1802 – 1945), trải qua 13 đời vua.
